A módszer elméleti hátterét az az elképzelés képezi, hogy minden ember személyisége különböző részekből tevődik össze, melyeket ego-állapotoknak nevezünk.

Ezek a részek önálló identitással, személyiségvonásokkal, érzelmekkel, élményekkel, magatartásmódokkal rendelkeznek. Az egészséges emberek személyiségének részei jól integráltak, vagyis harmonikus egységet alkotnak, a személy emlékszik arra, hogy miként cselekedett egy-egy ego-állapotában. Az ego-állapotok főként a gyermekkor során alakulnak ki annak érdekében, hogy a gyermek képes legyen olyan módon viselkedni, amely révén alkalmazkodni képes a környezet követelményeihez. Újabb ego-állapotok akkor is megszülethetnek, mikor a személy olyan stresszkeltő vagy traumatizáló helyzetbe kerül, melyben már meglévő ego-állapotai segítségével nem tud megfelelően funkcionálni. Nagyon fontos, hogy a személyiség ezen részei nem tüntethetőek el, viszont a terápia során megváltoztathatóak a személy pszichés és testi egészségének javítása érdekében. Amennyiben az ego-state terápia mellett döntenek, a páciens először részletes tájékoztatást kap a módszer elméletéről és gyakorlatáról, majd módosult tudatállapot létrehozására van szükség, mert bizonyos ego-állapotokkal – melyek megbújnak a tudatalatti mélyén – nagyon nehéz módosult tudatállapot létrehozása nélkül felvenni a kapcsolatot. A megváltozott tudatállapotot általában egyszerű relaxációs technikák segítségével érjük el, mely alatt a páciens csukott szemmel követi a szakember közléseit. Ezután a terapeuta közvetlenül megszólítja azt az ego-állapotot, amely a páciens bizonyos viselkedéséért vagy érzelmi állapotáért felelős, melyen változtatni kíván. Ezt követően párbeszéd alakul ki a szakember és az előhívott rész között. Ennek a módszernek a segítségével részletes képet nyerhetünk a páciens személyiségének struktúrájáról, illetve arról, hogy honnan is származnak a problémái, tünetei. Az ego-állapotok produkálhatnak az alkalmazkodást rontó magatartásokat, okozhatnak kellemetlen vagy fájdalmas testi panaszokat és lelki élményeket. Bizonyos részek olyan traumás élményeket, elnyomott dühöt vagy fájó érzéseket cipelhetnek magukkal, melyek kezelhetőek az ego-state terápia segítségével az adott rész megszólítása és terápiája révén. A páciens az ego-állapotainak ismeretében képes lesz azokat jobban felhasználni a mindennapi élete során. Például önérvényesítő tud lenni, amikor arra szükség van. Ego-state terápiával kezelhető zavarok és állapotok: pánikbetegség, fóbiák, poszttraumás stressz zavar, szenvedélybetegségek, evészavarok, feldolgozatlan traumás élmények, depresszió, pszichés eredetű testi panaszok, agressziókezelési problémák.